Les services écosystémiques fournis par les écosystèmes aquatiques reposent sur l’équilibre naturel. Cet équilibre pourrait être rompu par la présence des éléments traces métalliques (ETM). La présente étude a porté sur l’évaluation des ETM dans l’écosystème du fleuve Niger à Bamako. Elle a consisté spécifiquement de (i) déterminer les teneurs en ETM dans les eaux brutes, les dépôts sédimentaires, les algues, les végétaux aquatiques, les poissons et les oiseaux, (ii) déterminer les activités enzymatiques du cytochrome P-450, d’EROD et d’EROD+MC, et enfin (iii) déterminer les effets de ces ETM sur les biotes. Les teneurs moyennes rencontrées dans les différents compartiments abiotiques et biotiques de l’environnement ont été révélées à l’aide du spectromètre de masse à absorption atomique. Les résultats obtenus ont montré que les teneurs maximales en Cr, Co, Mn et Ni ont varié respectueusement de 0,73, 0,62, 0,76 à 0,59 mg/kg dans les eaux brutes, de 46,0, 40,10, 53,0 à 37,0 mg/kg dans les dépôts sédimentaires, de 0,60, 3,90, 5,70 à 13,50 mg/kg dans les algues, de 3,81, 4,30, 16,10 à 79,50 mg/kg dans les poissons de 24,0, 19,22, 20,23 à 57,50 mg/kg dans les oiseaux et 38,66, 34,66, 34,66 à 41,33 mg/kg dans les mammifères. Chez Labeo parvus la valeur maximale pour Ni est 151 fois supérieure à la norme fixée par l’OMS. Les activités enzymatiques ont été déterminées à l’aide du fluorimètre. Les valeurs élevées variant de 0,340 ± 0.08 à 0,578±0.008 nmoles/mg pour le cytochrome P-450 chez Cyprinus carpio et Alcedo cristata, tandis que EROD oscillant entre 4.31±0.09 et 7,06±1,01 nmoles/mg, enfin EROD+MC allant de 51,3 ± 2.19 à 109,84 ± 2,15 nmoles/mg de protéine hépatique respectivement chez Perca fluviatilis et Alcedo cristata n’ont pas épargné ce hydrofaune d’accumuler des ETM. Ce phénomène serait en rapport avec la nature des contaminants chimiques et la spécificité des hydrobiotes d’étude. Les effets de ces ETM sur les biotes ont été observés : atteintes du système nerveux, cancer, altération de l’ADN, cirrhose du foie et autres. Ces éléments chimiques présentent un danger pour les mammifères et l’homme se trouvant au sommet de la chaine alimentaire. Nos résultats ont montré que quatre ETM (Cr, Co, Mn, Ni) ont été retrouvés dans l’écosystème du fleuve Niger à Bamako. La présence de ces ETM dans ce fleuve affecterait considérablement la croissance, le développement et la population des hydrobiotes, d’où le nécessité de protéger ce milieu naturel, très vulnérable.